اگرچه بعضی از باکتریها عامل فساد مواد غذایی و بیماری هستند، اما بسیای از باکتریها مفیدند. بشر قرنها از فواید باکتریها در زندگی خود استفاده کرده است. باکتریها در تهیه و پردازش فراوردههای غذایی و شیمیایی و همچنین در شناسایی و استخراج معادن و پاکسازی محیط زیست کاربرد دارند. مواد خوراکی مانند ماست، پنیر و سرکه و نوشیدنیهای الکی و آبجو حاصل فعالیت باکتریهای تخمیرکننده است. استون و بوتانول مواد شیمیایی هستند که انواعی از باکتریهای گونهٔ کلوستریدیوم آنها را میسازند.
باکتریهای داخل روده برای ما خیلی از ویتامینها (مانند ویتامین کا) را میسازند که خود بدن قادر به ساختن آنها نیستند.
همچنین بسیاری از باکتریها نیز به عنوان عوامل افزایش دهنده رشد گیاهان هستند و رشد گیاهان را بهبود میبخشند. به علاوه طیف وسیعی از باکتریها نیز به عنوان بیمارگرهای گیاهی هستند و باعث ایجاد علایم مختلفی در گیاهان مانند پژمردگی لکه برگی سوختگی سرشاخه و... میگردند.
باکتریهای شیمیواتوتروف برای تخلیص عناصر معدنی مانند مس و اورانیوم کاربرد دارند. همچنین باکتریها در پاکسازی آبها و خاکهای آلوده به آلایندههای نفتی و شیمیایی کاربرد وسیعی دارند.
از دیگر فواید باکتری ها استفاده از آنها در مهندسی ژنتیک است در این فرایند ژن مورد نظر را جدا می کنند و با وارد کردن آن به باکتری با هزینه ای کم آن را به میزان فراوان تولید می کنند،با این روش میتوان دارو ها و واکسن های مفید و مطمئن تولید کرد.